Ο ναός του Αγίου Νικολάου, ένα «σπίτι» μεγαλόπρεπο για τον προστάτη των ναυτικών, άρχισε να κτίζεται από το 1785. Χρόνια της μαύρης σκλαβιάς, αλλά και χρόνια που η ναυτιλία των Ψαρών άρχισε να αναπτύσσεται. Κουβαλούσαν οι Ψαριανοί τα μάρμαρα από τα Θυμιανά της Χίου, από νησιά του Αιγαίου, αλλά και από πιο μακριά: από την Μάλτα και την Θεσσαλία. Το μήκος του ναού είναι 28 μέτρα, 14 το πλάτος και φτάνει μέχρι τα 24 μέτρα ύψος. Για το φωτισμό του είχαν σχεδιαστεί 67 παράθυρα και 8 πόρτες. Σήμερα υπάρχουν 51 και 7 αντίστοιχα. Τα σκεύη του ναού, αφιερώματα μεγάλης αξίας όπως και τα ιερά σκεύη που είχε δωρίσει ο Βαρβάκης, όλα λεηλατηθήκαν κατά την καταστροφή του νησιού το 1824. Από αυτά μόνο το ιερό ευαγγέλιο σώζεται σήμερα.
Τη χρονιά που γεννήθηκε ο Κανάρης (1793), χρονολογία σημαδιακή, ολοκληρώθηκε ο ναός. Καταστράφηκε το 1824 και ανακαινίστικε το 1863, όταν μετά την καταστροφή οι Ψαριανοί άρχισαν να ξαναμαζεύονται στο νησί τους. Αξίζει να ανέβει κανείς τα 60 σκαλοπάτια και να επισκεφτεί την εκκλησία που προσκύνησε ο Κανάρης πριν ξεκινήσει για το μεγάλο κατόρθωμά του.
