Σύμφωνα με το μύθο, η Πάτμος ήταν βυθισμένη στη θάλασσα και αναδυόταν στην επιφάνεια μόνο όταν τη φώτιζε η θεά Σελήνη. Η Πάτμος λοιπόν ήταν ο τόπος συνάντησης της Σελήνης με τον αγαπημένο της βοσκό, τον Ενδυμίωνα, γιο του Δία, που είχε το προνόμιο να μην γερνά όταν κοιμόταν. Καθώς η Σελήνη φώτιζε τη βυθισμένη Πάτμο, την πρόσεξε η Άρτεμη, που γυάλιζε κάτω από το νερό, και θέλησε να κάνει το νησί δικό της.  Μη έχοντας τη δύναμη να το ανασύρει μόνη της στην επιφάνεια, ζήτησε τη βοήθεια του αδελφού της Απόλλωνα, εκείνος του πατέρα του Δία και εκείνος  του αδελφού του, Ποσειδώνα. Έτσι ο Ποσειδώνας ανέδειξε το νησί στην επιφάνεια της θάλασσας, ήταν και ο πρώτος που πάτησε πάνω του, ο Απόλλωνας με τις ακτίνες του ηλίου το στέγνωσε και το παρέδωσε στην αδερφή του, την Άρτεμη. Οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού μάλιστα ήρθαν από το Όρος Λάτμος της Μικράς Ασίας, ύστερα από πρόσκληση της Αρτέμιδος.

Το νησί της Πάτμου ήταν γνωστό κατά την αρχαιότητα με τα ονόματα:

Λητωίς, λόγω της λατρείας της Άρτεμης κόρης της Λητούς,

Πάτνος, από το πάτημα του Ποσειδώνα,

Παλμόζα, από τους πολλούς φοίνικες,

Λάτμος, από το όνομα του βουνού Λάτμος της Καρίας στη Μικρά Ασία,ξακουστό τόπο λατρείας της θεάς Άρτεμης.

Από το μυθό των Ατρειδών αντλούμε την πληροφορία, ότι ο Ορέστης έφτασε στο νησί της Πάτμου, και αφιέρωσε άγαλμα στο Ναό της Αρτέμιδος, ως ευχαριστία για την απαλλαγή του από την καταδίωξη των Ερινυών.  Η θέση του Ναού εκείνου ήταν στην τοποθεσία που επέλεξε ο Όσιος Χριστόδουλος για την ανέγερση της Μονής.

Στους κλασικούς συγγραφείς δεν υπάρχουν αναφορές στην Πάτμο.Μικρές μνείες  γίνονται από τον Θουκυδίδη, τον Στράβωνα και τον Ευστάθιο.

Η ταυτότητα των πρώτων κατοίκων του νησιού παραμένει ένα μυστήριο και παρά τις μελέτες και τις έρευνες πολλών ιστορικών και αρχαιολόγων οι γνώμες αποκλίνουν. Η πλειονότητα πάντως πιστεύει, ότι το νησί κατοικήθηκε ήδη κατά το 3.000 π.Χ. από τους Κάρες και αργότερα από τους Δωριείς και τους Ίωνες, ελληνικά φύλα τα οποία αποίκισαν τα νησιά των Δωδεκανήσων.
Ο Γερμανός αρχαιολόγος Ludwig Ross (1806-1859), καθηγητής του Πανεπιστημίου των Αθηνών κατά το 1837, έγραψε στις «νησιωτικές περιηγήσεις» του ότι οι αρχικοί κάτοικοι του νησιού ήταν οι Δωριείς και αργότερα έγινε ιωνική αποικία. Αποτελούσε τμήμα ομοσπονδίας των ιωνικών παράλιων πόλεων της Μ. Ασίας, γνωστής ως «Πανιώνιον», θρησκευτικού και αμυντικού χαρακτήρα. Η Πάτμος βρισκόταν υπό την προστασία της πλησιέστερης σ΄ αυτήν πόλης, της Μιλήτου, σημαντικού κέντρου, τόσο στην άνθιση των τεχνών  και των γραμμάτων, όσο και στον εμπορικό και εξαγωγικό τομέα.

Υπολείμματα αρχαίων κτισμάτων, κοιμητηρίων, φρουρίων στην περιοχή του Κάμπου και της Ιτιάς μαρτυρούν την παρουσία πυκνού πληθυσμού σε διάφορες περιόδους της αρχαιότητας. Κάποια ευρήματα στο λόφο του Καστελλίου παρέχουν ενδείξεις ύπαρξης αρχαίας ακρόπολης, χρονολογημένης στον 4ο αιώνα π.Χ. καθώς και μιας αρκετά εκτεταμένης πόλης στην περιοχή, κατά τη διάρκεια του 6ου έως και 4ου αιώνα π.Χ.

Κατά τη ρωμαϊκή περίοδο, η Πάτμος παρήκμασε και χρησιμοποιήθηκε από τους Ρωμαίους ως τόπος εξορίας των κατάδικων.

Το 95 μ.Χ. ο νεαρότερος μαθητής του Χριστού, ο Ιωάννης, βρισκόταν στην Έφεσο, όπου κήρυττε το μήνυμα του Ευαγγελίου. Κατά το ίδιο έτος ο Ρωμαίος αυτοκράτορας Δομετιανός έθεσε υπό διωγμό ευρείας κλίμακας τους Χριστιανούς και εξόρισε τον Απόστολο Ιωάννη στην Πάτμο.

Η παραμονή του Ιωάννη στο νησί επιβεβαιώνεται από τη μαρτυρία του ιδίου στην Εισαγωγή του Βιβλίου της Αποκάλυψης. Εκτός από την αναφορά στο κείμενο της Αποκάλυψης, μνεία γίνεται και στο Ψευδεπίγραφο κείμενο «Πράξεις Ιωάννου», φερόμενο ως έργο του μαθητού του, Διάκονου Προχόρου. Οι περισσότεροι από τους βιβλικούς μελετητές συμφωνούν ότι το κείμενο αυτό γράφτηκε κατά τον 4ο ή 5ο αιώνα μ.Χ. Στο κείμενο αυτό καταγράφονται διηγήσεις από την παραμονή του Αποστόλου Ιωάννη στην Πάτμο, οι οποίες ασχέτως αν αντέχουν στην επιστημονική έρευνα και εξακρίβωση  ή όχι, διασώζονται στην προφορική, εικονογραφική και εν γένει λαϊκή παράδοση της Νήσου.

Ο Άγιος Ιωάννης παρέμεινε στην Πάτμο περίπου δύο χρόνια. Το Σεπτέμβριο του 96 μ.Χ. ο αυτοκράτορας Δομετιανός δολοφονήθηκε και ο διάδοχός του, Νέρβας, ανακάλεσε τα διατάγματα του προκατόχου του, με αποτέλεσμα την επιστροφή του Ιωάννη στην Έφεσο. Κατά την παραμονή του στο νησί, ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος δεν έμεινε άπραγος. Μετέστρεψε στον Χριστιανισμό και βάπτισε πολλούς από τους κατοίκους του νησιού. Σπαράγματα μάλιστα παλαιοχριστιανικού Βαπτιστηρίου, δίπλα στη θάλασσα μαρτυρούν την τοποθεσία, στην οποία τελούσε ο Απόστολος τις Βαπτίσεις. Η πιο σημαντική πάντως στιγμή του στην Πάτμο ήταν το Θείο Μήνυμα που αποκαλύφθηκε από το Θεό Λόγο στον  Άγιο Ιωάννη εντός μικρού σπηλαίου, του σπηλαίου της Αποκάλυψης, όπως έκτοτε καθιερώθηκε να λέγεται. Το προφητικό αυτό κείμενο συναριθμήθηκε από την Εκκλησία στον Κανόνα της Καινής Διαθήκης και είναι το κατεξοχήν εσχατολογικό κείμενο της Καινής Διαθήκης.

Μετά το πέρασμα του Αποστόλου Ιωάννη, ελάχιστες είναι οι πληροφορίες για το νησί της Πάτμου. Σποραδικές αναφορές βρίσκουμε στις ιστορικές πηγές των γύρω περιοχών. Τον 4ο αιώνα, το ιερό της θεάς Αρτέμιδος στο νησί κατεδαφίστηκε και μια Παλαιοχριστιανική Βασιλική Εκκλησία χτίστηκε στη θέση της. Στα μέσα του 7ου αιώνα η Πάτμος, όπως και τα περισσότερα άλλα μικρά και ανυπεράσπιστα νησιά του Αιγαίου ερημώθηκε, καθώς οι Άραβες προωθούνταν στα εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Κατά τη μαρτυρία του Ιστορικού Ορλάνδου, μεταξύ  8ου και  10ου αιώνα  η βασιλική του Θεολόγου καταστράφηκε και επειδή η ανοικοδόμηση της ήταν ανέφικτη για την εποχή εκείνη, χτίστηκε μικρότερο ναΰδριο αφιερωμένο στο Θεολόγο. Τον 11ο αιώνα μ.Χ ο Αυτοκράτορας Αλέξιος Α΄ ο Κομνηνός δώρισε το νησί της Πάτμου στον Όσιο Χριστόδουλο, ο οποίος, διωγμένος από το Όρος Λάτρος, λόγω των Αραβικών επιδρομών και μετά από ατυχείς προσπάθειες για εγκατάσταση στα γύρω νησιά είχε καταλήξει στην έρημη τότε Πάτμο, τόπο ιδανικό για άσκηση.

Το 1522 οι Οθωμανοί τελικά ανακαταλαμβάνουν τη Ρόδο και το 1537 και η Μονή αναγνωρίζει επισήμως την οθωμανική κυριαρχία. Κατά ειρωνεία της τύχης, ήταν υπό τους "άπιστους" Τούρκους, όταν και το Μοναστήρι και το νησί ανέκαμψε, γνωρίζοντας πολύ μεγάλη υλική ευημερία και ασκώντας θρησκευτική και πολιτική επιρροή.

Ο 16ος αιώνας σημαδεύτηκε από τους πολέμους μεταξύ Βενετών και Οθωμανών. Μετά το 1540 οι Οθωμανοί έλεγχαν την ανατολική Μεσόγειο και σταθεροποιήθηκαν στην περιοχή. Το Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννου έφερε εκ νέου εργάτες, οι οποίοι ανήλθαν στα μεσαία κοινωνικά στρώματα, αναπτύσσοντας μια ισχυρή και πετυχημένη αστική ζωή στο νησί. Τότε, ο οικισμός της Χώρας άρχισε να αποκτά τον σημερινό του χαρακτήρα και το μοναστήρι επίσης ακολούθησε την οικοδομική τάση και εξωραΐστηκε. Την εποχή εκείνη πιθανώς το σύστημα της Μονής αλλάζει από Κοινοβιακό σε ιδιόρρυθμο, κάτι που σημαίνει ότι οι μοναχοί επιτρέπεται να διαβιούν ατομικά και να ασχοληθούν με τις  δικές τους μέριμνες και τα ενδιαφέροντά τους.

Τον 17ο αιώνα το λιμάνι της Πάτμου είναι από τα σημαντικότερα της Μεσογείου και αναπτύσσεται μεγάλη εμπορική δραστηριότητα. Εξάγονται βαμβακερά κεντήματα, κεραμικά καθώς και πίνακες ζωγραφικής σε ξύλο. Την ίδια περίοδο το μοναστήρι παίρνει τη σημερινή του μορφή. Η Πάτμος έχει 3.000 περίπου κατοίκους. Η διοίκηση ασκείται από τη Μονή ενώ στο νησί δεν κατοικούν Τούρκοι. Το 1607 μ.Χ. ιδρύεται η Μονή της Ζωοδόχου Πηγής, ενώ το 1619 μ.Χ. οικογένειες μεταναστών εγκαθίστανται γύρω από την Πλατεία Αγίας Λεβιάς στη Χώρα.

Το 1645 ξέσπασε εκ νέου πόλεμος μεταξύ Οθωμανών και Βενετών, ο οποίος διήρκεσε 21 χρόνια. Το γεγονός αυτό για την Πάτμο ήταν καταστροφικό καθώς το 1659 ο Βενετός Ναύαρχος Μοροζίνι και τα στρατεύματά του επιτέθηκαν στο νησί προκαλώντας μεγάλες καταστροφές στον οικισμό της Χώρας, αφήνοντας όμως σχεδόν ανέπαφο το Μοναστήρι. Χρειάστηκαν περισσότερα από 50 χρόνια για να ξεπεράσει το νησί αυτό το χτύπημα και ο πληθυσμός του κατά τη διάρκεια αυτή ήταν πολύ φτωχός. Το καταστροφικό και βίαιο πέρασμα του Βενετσιάνου Ναυάρχου από τήν Πάτμο κατέγραψε χαράζοντας το σε τοίχο στο παρεκκλήσιο του Αγίου Βασιλείου εντός της Μονής, ένας μοναχός (σημειωτέον ότι το εν λόγω παρεκκλήσιο βρίσκεται δίπλα στο καμπαναριό της Μονής, απ’ όπου η θέα προς το λιμάνι είναι πανοραμική).

Το τέλος του αιώνα αυτού βρίσκει την Πάτμο με πενήντα περισσότερες οικογένειες, που μεταναστεύουν το 1669 μ.Χ. εξαιτίας της άλωσης του Χάνδακα Κρήτης από τους Τούρκους. Από το 1700 το εμπόριο επανακάμπτει και το βιοτικό επίπεδο των Πατμίων βελτιώνεται.

Τον 18ο αιώνα η Πάτμος βρέθηκε υπό βενετική κατοχή. Το 1713 ο Άγιος Μακάριος ο Καλογεράς, Πάτμιος στην καταγωγή, αρνήθηκε μια λαμπρή σταδιοδρομία στην Πόλη, όταν ως νεαρός μοναχός στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη για να επιστρέψει στον προγονικό του τόπο, όπου ίδρυσε την Πατμιάδα Σχολή. Η Σχολή αυτή θεωρήθηκε ένα από τα πλέον σημαντικά εκπαιδευτικά ιδρύματα της εποχής του, έχοντας να επιδείξει μια σειρά επιστημόνων και καθηγητών, οι οποίοι εξαπλώθηκαν στις ελληνικές κοινότητες της Ευρώπης,  τονώνοντας με τον τρόπο αυτό τον ελληνικό πολιτισμό και την Ορθόδοξη πίστη.  Το 1715 το Οικουμενικό Πατριαρχείο αναθέτει Εξαρχικώς τη Διοίκηση της Τοπικής Εκκλησίας  στον Καθηγούμενο της Μονής, παρέχοντας του το υψηλό προνόμιο του Πατριαρχικού Εξάρχου,  να διοικεί δηλαδή την Τοπική Εκκλησία ως Οικείος Επίσκοπος, στο Όνομα πάντα του Οικουμενικού Πατριάρχου.
                                                          
Τον 19ο αιώνα η Πάτμος συνέβαλε καθοριστικά στον αγώνα για την ελληνική ανεξαρτησία. Ο Εμμανουήλ Ξάνθος, ένας Πάτμιος έμπορος ήταν μαζί με τον Σκουφά και τον Τσακάλωφ τα ιδρυτικά μέλη της Φιλικής Εταιρείας. Διακεκριμένες μορφές επίσης της Ελληνικής Επανάστασης ήταν Πάτμιοι όπως  ο Οπλαρχηγός  Δημήτριος Θέμελης, Εθνομάρτυρας και αυτός της Εξόδου του Μεσολογγίου και ο Θεόφιλος Παγκώστας, Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο οποίος δεν δίστασε να υψώσει το επαναστατικό λάβαρο στην Πάτμο. Αν και η Πάτμος ήταν το δεύτερο νησί μετά τις Σπέτσες που ένωσε τις δυνάμεις της στη μάχη για την απελευθέρωση επενδύοντας ηθικά και υλικά στον αγώνα, η Συνθήκη της Κωνσταντινούπολης του 1832, με την οποία επισήμως τερματίστηκε ο πόλεμος, παραχωρούσε όλα τα Δωδεκάνησα στους Οθωμανούς.

Τον 19ο αιώνα σημειώνεται μια αξιομνημόνευτη παρακμή του νησιού. Η βιομηχανική επανάσταση αντικατέστησε τα ιστιοφόρα πλοία με πιο σύγχρονα, ατμοκινούμενα, τα οποία οι Πάτμιοι δεν είχαν δυνατότητα απόκτησης, καθώς βρίσκονταν ακόμη υπό οθωμανική διοίκηση. Οι πλούσιες οικογένειες της Πάτμου μετανάστευσαν και επικράτησε φτώχεια. Η Πατμιάδα Σχολή εγκαταλείφθηκε έως τα τέλη του 19ου αιώνα και το μοναστήρι προσπαθούσε να ορθοποδήσει.

Το 1912 οι Ιταλοί επωφελήθηκαν από την αδυναμία της οθωμανικής αυτοκρατορίας και εισέβαλαν στα Δωδεκάνησα. Αρχικά, οι Έλληνες κάτοικοι είδαν τους Ιταλούς ως  ελευθερωτές. Η πεποίθηση αυτή σύντομα διαψεύστηκε, όταν επεδόθη ψήφισμα στον Ιταλό Στρατηγό Αμέλιο, με το οποίο, του ζητούσαν να συμβάλλει στην ένωση της Δωδεκανήσου με το Ελληνικό Κράτος. Η πράξη αυτή εξόργισε τον Ιταλό επικεφαλής με αποτέλεσμα η ιταλική κατοχή αυτή είχε εξαιρετικά αρνητικές συνέπειες για τα νησιά και ιδιαίτερα για την Πάτμο, η οποία παρέμεινε πολύ φτωχή. Επιπλέον απαγορεύθηκε η διδασκαλία της Ελληνικής. Το 1937 ιδρύθηκε η γυναικεία μονή του Ευαγγελισμού Μητρός Ηγαπημένου από τον πρώην Ηγούμενο της Μεγάλης Μονής, Αμφιλόχιο Μακρή λειτουργώντας ως κρυφό σχολειό, την εποχή εκείνη, για τους νέους της Πάτμου. Ο γέρων Αμφιλόχιος Μακρής θα στιγματίσει την Πάτμο κατά την εποχή εκείνη (αλλά και μέχρι το τέλος της ζωής του) με τη μεγάλη πνευματική, εθνική και οικολογική προσφορά του. Η ιταλική κατοχή έληξε το 1943 με την ανάληψη της διοίκησης από τις Γερμανικές δυνάμεις Κατοχής, που διήρκεσε για δύο έτη, κατά τα οποία η Πάτμος έζησε σε πλήρη οικονομική εξαθλίωση. Μετά τον πόλεμο, οι Βρετανοί ανέλαβαν τη διοίκηση της Δωδεκανήσου και με  τη συνθήκη του Παρισιού στις 7 Μαρτίου του 1947 όλα τα νησιά ενσωματώθηκαν στην Ελληνική Πολιτεία.

Το 1947 επαναλειτουργεί η Πατμιάδα Σχολή στο Ιερό Σπήλαιο και το 1951 κτίζονται τα σημερινά κτίρια, από τη Μονή, με τη γενναία συμβολή των Πατμίων του εξωτερικού. Το 1981 η Πάτμος αναγνωρίζεται επίσημα από το ελληνικό κοινοβούλιο ως Ιερά Νήσος, ενώ το 1988 η Μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου εορτάζει την συμπλήρωση εννέα αιώνων συνεχούς λειτουργίας και το 1995 τα 1900 χρόνια από τη συγγραφή του Βιβλίου της Αποκάλυψης.

Το 1999 η Ιερά Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, μαζί με το Ιερό Σπήλαιο της Αποκάλυψης και το μεσαιωνικό οικισμό της Χώρας στην Πάτμο συμπεριλήφθηκαν επισήμως στον κατάλογο της των μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO, ενώ η Ευρωπαϊκή Ένωση συμπεριέλαβε την Πάτμο μεταξύ των πέντε σημαντικότερων προσκυνηματικών προορισμών της Ευρώπης.

Ο 21ος αιώνας αποτελεί για την Πάτμο εποχή περισυλλογής και αναγνώρισης. Η Μονή του Θεολόγου επανέρχεται στο  κοινοβιακό σύστημα, αναδιοργανώνεται και εμπλουτίζεται το μουσείο και η βιβλιοθήκη, ενθαρρύνεται η έρευνα και πραγματοποιούνται νέες εκδόσεις, εξοπλίζονται τα επιστημονικά εργαστήρια συντήρησης εικόνων και χειρογράφων, θεσμοθετούνται πολιτιστικά δρώμενα και φορείς όπως, το Φεστιβάλ Θρησκευτικής Μουσικής, το Κέντρο Μέριμνας Οικογένειας και το Κέντρο Ορθοδόξου Πολιτισμού και Πληροφόρησης.

Καθολικό

O Εξωνάρθηκας του κυρίως ναού (καθολικού) της Ι. Μονής είναι γεμάτος από τοιχογραφίες που χρονολογούνται τον 17ο αι. με διάφορες παραστάσεις θαυμάτων του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου. Οι μαρμάρινες κολώνες καθώς και τα κιγκλιδώματα προέρχονται από την παλαιότερη βασιλίκή (7ος αι.).

Ο Εσωνάρθηκας, στεγασμένος με ημικυκλικό θόλο εκτίνεται από βορρά ως νότο.  Δεξιά από την κεντρική είσοδο του κυρίως ναού δεσπόζει η Εικόνα του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, η «Προσκύνηση», το Παλλάδιο της Μονής.

Είναι κατά την παράδοση δωρεά προς τον Όσιο Χριστόδουλο απ’ τον αυτοκράτορα Αλεξίου Α΄ τον Κομνηνό. Ο Άγιος  Ιωάννης, ο Θεολόγος, παριστάνεται ημίσωμος, γυρισμένος πρός τα δεξιά και κρατάει με τα δύο του χέρια πλαγιασμένο ανοιχτό Ευαγγέλιο. Το φωτοστέφανο και το Ευαγγέλιο είναι σμαλτωμένο. Αργυρά έκτυπα και επιχρυσωμένα ελάσματα τοποθετούνται τον 11ο -12ο αι. με παραστάσεις των δώδεκα Αποστόλων σε μετάλλια που καλύπτουν περιμετρικός την Εικόνα η οποία χρονολογείται τον 12ο αι. αλλα επιζωγραφίσθηκε τον 15ο αι., διαστάσεων: ύψος 114,5 εκ., πλάτος 81 εκ.καί πάχος 3,5 εκ. και αναφέρεται σε κώδικα της Μονής το 1.200 μ.Χ..

Οι τοιχογραφίες του Εσωνάρθηκα είναι πολύ καλής κρητικής τέχνης και ήρθαν στο φως μετά τις εργασίες συντήρησης και αποκατάστασης το 2009, όπου παριστάνουν τη τελική κρίση.  Μερικές από τίς παραστάσεις που ξεχωρίζουν είναι: ο φόνος του Ζαχαρία, η Προσκύνηση των Μάγων, η Σφαγή των Νηπίων, η Φυγή στην Αίγυπτο, ο Ασπασμός της Μαρίας και της Ελισάβετ, ο Ιησούς ανάμεσα στους Αποστόλους.

Στο βόρειο μέρος παριστάνεται η Παραβολή των 10 Παρθένων, ενώ στο νότιο και ανατολικό διακρίνονται σκηνές από την δευτέρα Παρουσία του Κυρίου.

Ο κυρίως ναός (καθολικό), αθέατος εξωτερικά, είναι από τα πρώτα οικοδομήματα που έκτισε ο Όσιος Χριστόδουλος πάνω σε ερείπια μικρού Ναίσκου που κτίσθηκε πάνω σε ερείπια  παλαιότερης βασιλικής προς τιμην του Θεολόγου ( 7ος αι.) που είχε κτισθεί και αυτή πάνω στο  ναό της θεάς του κυνηγιού Αρτέμιδος της Πατμίας ( 4ος αι. π.Χ.). Στην εσωτερική του διάταξη είναι σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλλο, ο οποίος στηρίζεται πάνω σε τέσσερις λιτές κολόνες, που συνδέονται μεταξύ τους με ξυλόγλυπτους επίχρυσους  ελκυστήρες.Τα δάπεδα είναι στρωμένα με μαρμαροθετήματα τα οποία προέρχονται από την παλαιότερη Βασιλική  ή και από το Ναό της Αρτέμιδος. Κάτω από το Ναό υπάρχει στέρνα για τη συγκέντρωση του βρόχινου νερού. Το θαυμάσιο και εξαιρετικής τέχνης ξυλόγλυπτο, ολόγλυφο επιχρυσωμένο καί επιχρωματισμένο τέμπλο  με σκαλιστές παραστάσεις από την Αγία Γραφή είναι λίγο δυσανάλογο σε σχέση με τις υπόλοιπες διαστάσεις του ναού.

Το πρώτο τέμπλο της εποχής του Οσίου Χριστοδούλου ήταν μαρμάρινο με κιγκλιδώματα και θωράκια. Στα τέλη του 15ου αι. αντικαταστάθηκε με νεότερο ξύλινο τέμπλο  που το κοσμούσαν οι εξαιρετικής  Κρητικής τέχνης Εικόνες του ζωγράφου Ανδρέα Ρίτζου  (1494).

Το σημερινό αριστουργηματικό τέμπλο είναι δωρεά τού Μητροπολίτη Σάρδεων, Νεκταρίου του Πατμίου. Για την κατασκευή του ξοδεύτηκαν 170.000 λίρες Τουρκίας και 1.200 για την επιχρύσωσή του. Δούλεψαν επί ένα σχεδόν χρόνο 12 χιώτες τεχνίτες, το 1820. Οι Εικόνες του τέμπλου είναι Ρωσικής τέχνης. Ο Χριστός (δεξιά) και η Παναγία (αριστερά) χρονολογούνται  το 1702, και είναι δωρεά  της Αυτοκράτειρας Αικατερίνης της Ρωσίας,  ενώ ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος είναι του 1697. Οι εσωτερικές επιφάνειες του καθολικού καλύπτονται με περίτεχνες τοιχογραφίες  της κρητικής τέχνης από αξιόλογο αγιογράφο (εικασίες για Άγγελο) που χρονολογούνται περί το 1600. Στην κάτω ζώνη κοσμείται από Αγίους ολόσωμους (15ου αι.) στην  πάνω  ζώνη από σκηνές με τη ζωή του Χριστού και στη συνέχεια υψώνεται ο τρούλος με τον επιβλητικό   Παντοκράτωρα.

Στη βόρεια πλευρά του Καθολικού και πίσω από την Εικόνα της Αποκαλύψεως, που είναι αντίγραφο της πρωτότυπης εικόνας του 1626, υπάρχει το «έξω»  σκευοφυλάκιο, στο οποίο φυλάγονται Ιερά κειμήλια αλλα και άμφια προς χρήση.

Στή νοτιοδυτική γωνία του καθολικού που συνορεύει προς βορρά με τον Εσωνάρθηκα, βρίσκεται το I.Παρεκκλήσιο του Οσίου Χριστοδούλου. Χτίστηκε προς τιμήν του αμέσως μετά την ανακομιδή του λειψάνου του από την Εύβοια, τον Οκτώβριο του 1094. Στο νότιο τοίχο του παρεκκλησίου, μέσα σε τυφλό  τόξο,στην αργυροεπίχρυση λάρνακα από εργαστήριο της Σμύρνης, 1796, τοποθετήθηκε το άφθαρτο λείψανο του, που αναδίδει άρρητη ευωδία. Το τέμπλο είναι κατασκευής του 1607 και κοσμείται από Εικόνες που χρονολογούνται στο 1500 καί είναι έργα του κρητικού ζωγράφου Ανδρέα Ρίτζου. Οι τοιχογραφιες, που διαικπεραιώθηκαν οι εργασίες συντήρησης και αποκατάστασης το 2005, είναι κρητικής τέχνης του 1600 που αποκαλύφθηκαν κάτω από νεότερες του 18ου αι.  με τις παράστασεις της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού κ.α.

Τράπεζα

H Τράπεζα της Ιερής Μονής θεωρείται από τα πρώτα κτίσματα και χρονολογείται γύρω στον 11ο με 12ο αι., εκτείνεται από Βορρά πρός Νότο και κατέχει σημαντικό χώρο του ανατολικού μέρους της Μονής. Ένα μικρό τμήμα του Βόρειου τοίχου συνορεύει με το Ιερό του καθολικού. Η στέγη αρχικά σύμφωνα με ενδείξεις ήταν διρρίχτη ξύλινη που αντικαταστάθηκε. Είναι ημικυκλική θολωτή και χρονολογείται στα τέλη του 12ου αι. Ο τρούλλος είναι οκταγωνικός (ύψους 8,50 μ.). Όλη η Τράπεζα μοιάζει με μονόκλιτη βασιλική μετά τρούλλου, που συναντάται για πρώτη φορά στη μοναστηριακή αρχιτεκτονική.

Στο μήκος του μεγάλου άξονά της σώζονται δύο μακρόστενα χτιστά τραπέζια με μαρμάρινη επένδυση. Το πιο πολυτελές τραπέζι είναι αυτό που βρίσκεται προς τη βόρεια κόγχη και είναι κάθετο προς τα άλλα, είναι το τραπέζι του ηγουμένου.

Τις στενές καμπύλες κεφαλές των τραπεζιών στολίζουν ανάγλυφοι ισοσκελείς σταυροί σκαλισμένοι μέσα σε ορθογώνια πλαίσια.

Στον ανατολικό τοίχο, μέσα σε τοξωτή εγκοπή, βρίσκεται το «βήμα», δηλαδή το πέτρινο αναλόγιο του καθορισμένου αναγνώστη μοναχού που διαβάζει Πατερικά αναγνώσματα.
Η πόρτα του νότιου τοίχου οδηγεί στο μαγειρείο της Μονής, ενώ του ανατολικού στο χώρο φύλαξης τροφίμων ( χώροι μή επισκέψιμοι).

Οι τοιχογραφίες που βρίσκονται αναρτημένες στα πλαίσια είναι του 1745 και είναι αυτές που αποτοιχίσθηκαν από τό παρεκκλήσι της Παναγίας, οι οποίες κάλυπταν τις αρχαιότερες του 12ου αι.  Ολόκληρος σχεδόν ο χώρος της Τράπεζας, τοίχοι και θόλος, ήταν εικονογραφημένα . Οι τοιχογραφίες όμως δυστυχώς καταστράφηκαν στο μεγαλύτερό τους μέρος.

Με τη συνέπεια και την ακρίβεια που απαιτεί το τυπικό της Εκκλησίας και η μακραίωνη Κοινοβιακή Παράδοση, που εμφορείται από ασκητικό πνεύμα, γίνεται η προσέλευση της αδελφότητας και στο Ναό και στην Τράπεζα.